冬季使用微生物菌肥不仅可以活化在土壤中被固定的营养元素，且有利于根系的生长。但是不可盲目使用，应该根据不同土壤的环境情况来确定。那么，冬季施用微生物菌肥需注意什么呢？
1、土壤湿度
土壤含水量过大或不足都会影响生物菌肥的施用效果。因为微生物菌肥内的生物菌大部分是好氧菌，它在土壤见干见湿时生命力才活跃。所以，施用生物菌肥后一定要注意合理浇水，选择晴天上午浇小水，这样不仅能提高地温，还能通过放风排湿。注意浇水后要进行划锄，以此来增加土壤通透性，利于生物菌发挥效果。
2、土壤温度
据了解，微生物菌肥中的生物菌一般在土壤18~25℃时生命活动活跃，15℃以下时生命活动开始降低，10℃以下时活动能力已很微弱，甚至处于休眠状态。因此，冬季大棚蔬菜施入菌肥后，要注意调控好地温。这就需要首先控制好棚内的气温，以气温促地温回升。一般棚内气温白天应保持在25~30℃为宜，夜间棚内温度低，为避免地温散失，维持地温恒定，除了采取地膜覆盖外，可在操作行内覆盖作物秸秆。
3、土壤酸碱度
资料表明：土壤偏酸或偏碱都不利于生物菌的生长繁殖。土壤pH值在6。5~7。5之间时适合生物菌的繁殖，菜农可根据自己土壤的情况进行改造，让土壤pH值达到6。5~7。5，生物菌大量繁殖。
另外，在施用微生物菌肥后，还要注意增加土壤有机质，也就是增施生物有机肥。因为生物菌在土壤有机质丰富的前提下才能发挥出效果来。生物菌肥的作用是靠生物菌分解土壤中的有机物来实现的，如果土壤中的有机肥施用不足，那么它是分解不出养分来的。